一般的に誤解されている場合も多いようですが、日本の労働法には、年俸制だからといって、残業代を払わなくてよい制度は存在しません。裁判例でも、名ばかり管理職と固定残業代が併用された年俸制について、残業代の支払いを一からやり直させた事例があります（創栄コンサルタント事件・大阪地裁判決平成14年5月17日）。

年俸制で残業代が支払われない場合は、①単なる違法行為である場合、②名ばかり管理職扱いれている場合、③固定残業代が導入されている場合、④裁量労働制が導入されている場合などがあり、いずれも違法である場合も多いです。