変形労働時間制とは、一日８時間、週４０時間の法定労働時間の枠を、一定期間の内部で“貸し借り”し、全体としてその枠に収まっていれば、一日８時間、週４０時間を超えて働いても残業とならない、という制度です。「一定期間」については、一ヵ月以内の期間のもの、一ヵ月を超え一年以内の期間のものなどがあります。恒常的に長時間残業がある場合、使用者側も労務管理コストが増えるだけで変形労働時間制導入のメリットはあまりなく、制度の存在が違法な残業代不払いの言い訳になっている場合がほとんどです。特に残業代を全く払っていないような職場では、ほぼ、変形労働時間制は無効だと考えて良いでしょう。その場合、原則通り、残業代請求できることになります。